Entonces Primero, necesitas unos lentes especiales, de esos rojas en un lado y azules en el otro. Y después, seguir los siguientes pasos:

Instalamos unos paquetes necesarios:

sudo apt-get install compiz-fusion-bcop compiz-dev build-essential libtool libglu1-mesa-dev libxss-dev git-core compizconfig-settings-manager

Y después descargamos y descomprimimos el paquete anaglyph en ~/.compiz/plugins/

Tras lo cual haremos:

cd ~/.compiz/plugins/anaglyph/
make && make install

Por último, vamos a: Sistema > Preferencias > Administrador de opciones CompizConfig > Sin categoría > Anaglyph, y habilitamos y configuramos los botones que queramos para iniciar (”Initiate Screen“), por ejemplo Ctrl+Alt+3

Ya sólo tendremos que pulsar esta combinación de teclas (Ctrl+Alt+3) para tener nuestro escritorio en 3D.

Y por cierto… ¡si no conseguis lentes no es excusa aca te dejo un link para que los puedas fabricar !

fuente: http://elcanyon.blogspot.com/2010/04/ver-escritorio-en-3d-en-ubuntu-910-con.html